Phospho-onco-proteomics

Gomase V.S.1*, Shyamkumar Krishnan2
1Department of Bioinformatics, Padmashree Dr. D.Y. Patil University, Navi Mumbai, 400614, India
2Department of Bioinformatics, Padmashree Dr. D.Y. Patil University, Navi Mumbai, 400614, India
* Corresponding Author : virusgene1@yahoo.co.in

Received : -     Accepted : -     Published : 15-06-2009
Volume : 1     Issue : 1       Pages : 6 - 15
Genetics 1.1 (2009):6-15
DOI : http://dx.doi.org/10.9735/0975-2862.1.1.6-15

Keywords : Phosphoproteomics, Phosphorylation, Analytical technologies, transcriptomics
Conflict of Interest : None declared

Cite - MLA : Gomase V.S. and Shyamkumar Krishnan "Phospho-onco-proteomics." International Journal of Genetics 1.1 (2009):6-15. http://dx.doi.org/10.9735/0975-2862.1.1.6-15

Cite - APA : Gomase V.S., Shyamkumar Krishnan (2009). Phospho-onco-proteomics. International Journal of Genetics, 1 (1), 6-15. http://dx.doi.org/10.9735/0975-2862.1.1.6-15

Cite - Chicago : Gomase V.S. and Shyamkumar Krishnan "Phospho-onco-proteomics." International Journal of Genetics 1, no. 1 (2009):6-15. http://dx.doi.org/10.9735/0975-2862.1.1.6-15

Copyright : © 2009, Gomase V.S. and Shyamkumar Krishnan, Published by Bioinfo Publications. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

Abstract

Phosphoproteomics is the global analysis of protein phosphorylation, holds great promise for the discovery of cell signaling events that link changes in dynamics of protein phosphorylation to the progression of various diseases, particularly cancer and diabetes. Proteomic research first came for research with the introduction of two-dimensional gel electrophoresis. Proteomics has been increasingly applied to oncology research with the widespread introduction of mass spectrometry and protein-chip. Applying proteomics to foster an improved understanding of cancer pathogenesis develop new tumor biomarkers for diagnosis, and early detection using proteomic portrait of samples. The study of Phospho-onco-proteomics provides a better understanding of cancer diagnosis.

References

[1] Anton Iliuk and W. Andy Tao. (2009) Series: Methods in Molecular Biology, Volume: 527, 117-129  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[2] Lim Y. (2005) Clin Cancer Res 11(9), 3163-3169  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[3] Manning G., Plowman G.D., Hunter T., Sudarsanam S. (2002) Trends Biochem Sci, 27,514-520  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[4] Caenepeel S., Charydczak G., Sudarsanam S., Hunter T., Manning G. (2004) Proc Natl Acad Sci USA, 101,11707-11712  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[5] Hubbard M.J., Cohen P. (1993) Trends Biochem Sci 18,172-177  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[6] William C.S. Cho. (2007) Molecular Cancer, 6:25doi:10.1186/1476- 4598-6-25  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[7] Kalume D. et al. (2003) Current Opinion in Chemical Biology 7: 64-69  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[8] Breitkreutz B.J., Stark C., Reguly T., Boucher L., Breitkreutz A., Livstone M., Oughtred R., Lackner D.H., Bähler J., Wood V., Dolinski K., Tyers M. (2008) Nucleic Acids Res. 36(Database issue):D637-40  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[9] Strausberg R.L., Simpson A.J., Old L.J., Riggins G.J. (2004) Nature 429(6990):469-74.  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[10] Olsen J.V., et al. (2006) Cell 127(3): 635-48.  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[11] Shao-En Ong, Irina Kratchmarova, and Matthias Mann (2003) Journal of Proteome Research Vol. 2, No. 2, 173-181  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[12] Ong S.E., Blagoev B., Kratchmarova I., Kristensen D.B., Steen H., Pandey A., Mann M. (2002) Molecular & Cell Proteomics 1, 376–86  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[13] Schwanhäusser Björn, Manfred Gossen, Gunnar Dittmar, Matthias Selbach (2009) Proteomics 9 (1), 205-9  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[14] Schreiber T.B., Mäusbacher N., Breitkopf S.B., Grundner-Culemann K., Daub H. (2008) Proteomics, 8(21),4416-32  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[15] Grubb R.L., Calvert V.S., Wulkuhle J.D., Paweletz C.P., Linehan W.M., Phillips J.L., Chuaqui R., Valasco A., Gillespie J., Emmert-Buck M., et al. (2003) Proteomics 3, 2142- 2146  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[16] Gembitsky D.S., Lawlor K., Jacovina A., Yaneva M., Tempst P. (2004) Mol Cell Proteomics 3,1102-1118  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[17] Sachs K., Perez O., Pe’er D., Lauffenburger D.A., Nolan G.P. (2005) Science 308,523-529.  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[18] Mann M., Ong S.E., Gronborg M., Steen H., Jensen O.N., Pandey A. (2002) Trends Biotechnol 20,261- 268  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[19] Garcia B.A., Shabanowitz J., Hunt D.F. (2005) Methods 35,256-264  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[20] Loyet K.M., Stults J.T., Arnott D. (2005) Mol Cell Proteomics 4,235-245  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[21] Conrads T.P., Issaq H.J., Veenstra T.D. (2002) Biochem Biophys Res Commun 290, 885-890  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[22] Kalume D.E., Molina H., Pandey A. (2003) Curr Opin Chem Biol 7,64- 69.  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[23] Chen W.G., White F.M. (2004) Expert Rev Proteomics 1, 343-354  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[24] Peters E.C., Brock A., Ficarro S.B. (2004) Mini Rev Med Chem 4,313- 324  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[25] de la Fuente van Bentem S., Roitinger E., Anrather D., Csaszar E. and Hirt H. (2006) Physiol. Plant. 126, 110- 119  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[26] Fey S. J., Larsen P. M. (2001) Curr. Opin. Chem. Biol., 5, 26–33  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[27] Patton W. F. (2002) J. Chromatogr. B Analyt. Technol. Biomed. Life Sci., 771, 3–31  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[28] Cutting J. A., Roth T. F. (1973) Anal Biochem., 54, 386–394  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[29] Kaufmann H., Bailey J. E., Fussenegger M. (2001) Proteomics 1, 194–199  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[30] Hathaway D. R., Haeberle J. R. (1985) Am. J. Physiol., 249,C345–351  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[31] Bendt A. K., Burkovski A., Schaffer S., Bott M. et al. (2003) Proteomics 3, 1637–1646  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[32] Porath J., Carlsson J., Olsson I., Belfrage G. (1975) Nature 258, 598–599  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[33] McLachlin D. T., Chait B. T. (2001) Curr Opin Chem Biol., 5, 591–602  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[34] Stensballe A., Andersen S., Jensen O. N. (2001) Proteomics 1, 207–222  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[35] He T., Alving K., Feild B., Norton J. et al. (2004) J. Am. Soc.Mass Spectrom., 15, 363–373  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[36] Ficarro S. B., McCleland M. L., Stukenberg P. T., Burke D. J. et al. (2002) Nature Biotechnol., 20, 301– 305.  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[37] Liu H. L., Ho Y., Hsu C. M. (2003) J. Biomol. Struct. Dyn. 21,31–41  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[38] Nuhse T. S., Stensballe A., Jensen O. N., Peck S. C. (2003) Mol.Cell Proteomics 2, 1234–1243  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[39] Posewitz M. C., Tempst P. (1999) Anal. Chem. 71, 2883–2892  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[40] Cao P., Stults J. T. (1999) J. Chromatogr A. 853, 225–235  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[41] Heintz D., Wurtz V., High A. A., Van Dorsselaer A. et al. (2004) Electrophoresis 25, 1149–1159  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[42] Riggs L., Sioma C., Regnier F. E. (2001) J. Chromatogr A. 924, 359– 368  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[43] Raska C. S., Parker C. E., Dominski Z., Marzluff W. F. et al. (2002) Anal. Chem., 74, 3429–3433  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[44] Bondenmiller B., et al. (2007) Nat Methods, 4, 231-7  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[45] Sugiyama N., et al. (2007) Mol. Cell. Proteomics, 6, 1103-1109  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[46] Kyono Y., Sugiyama N., Imami K., Tomita M., Ishihama Y. (2008) J. Proteome Res., 7 (10), 4585–4593  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[47] Kaufmann H., Bailey J. E., Fussenegger M. (2001) Proteomics 1, 194–199  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[48] Berwick D. C., Tavare J. M. (2004) Trends Biochem. Sci., 29, 227–232  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[49] Ignatoski K. M. (2001) Methods Mol. Biol., 124, 39–48  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[50] Izaguirre G., Aguirre,L., Ji P., Aneskievich B., Haimovich B. (1999) J. Biol. Chem., 274, 37012–37020  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[51] Schmelzle K. and White F. (2006) Current Opinion in Chemical Biology 17,406-414  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[52] Marc Mumby and Deirdre Brekken (2005) Genome Biology 6,230  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[53] Kettman J. R., Frey J. R., Lefkovits I. (2001) Biomol. Eng. 18, 207–212  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[54] Chalmers M. J., Kolch W., Emmett M. R., Marshall A. G., Mischak H. (2004) J. Chromatogr. B Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 803, 111–120  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[55] Shi S. D., Hemling M. E., Carr S. A., Horn D. M. et al. (2001) Anal. Chem., 73, 19–22  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[56] Cooper H. J., Hakansson K., Marshall A. G. (2005) Mass Spectrometry Reviews, 24 (2), 201-222  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[57] Flora J. W., Muddiman D. C. (2001) Anal. Chem., 73, 3305– 3311  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[58] Hogan J. M., Pitteri S. J., McLuckey S. A. (2003) Anal. Chem., 75, 6509– 6516  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[59] Syka J. E., Coon J. J., Schroeder M. J., Shabanowitz J., Hunt D. F. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 9528–9533  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[60] Adamczyk M., Gebler J.C., Wu J. (2001) Rapid Commun Mass Spectrom. ,15(16),1481-8  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[61] Bryan A. Ballif,Philippe P. Roux,Scott A. Gerber,Jeffrey P. MacKeigan,John Blenis,and Steven P. Gygi (2005) Proc Natl Acad Sci U S A. 102(3), 667–672  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[62] Judit Villén, Sean A. Beausoleil, Steven P. Gygi (2008) Proteomics 8(21), 4444-4452.  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[63] Florian Gnad, Shubin Ren, Juergen Cox, Jesper V Olsen, Boris Macek, Mario Oroshi, Matthias Mann (2007) Genome Biology, 8:R250  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[64] Trester-Zedlitz M., Burlingame A., Kobilka B., von Zastrow M. (2005) Biochemistry 44,6133-6143.  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[65] Schulze W.X., Lei D., Mann M. (2005) Mol Systems Biol, 1:msb4100012- E1-msb4100012-E13  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[66] Blagoev B., Ong S.E., Kratchmarova I., Mann M. (2004) Nat Biotechnol 22,1139-1145  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[67] Schreiber T.B., Mäusbacher N., Breitkopf S.B., Grundner-Culemann K., Daub H. (2008) Proteomics , 8(21), 4416-32  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[68] de la Fuente van Bentem S., Mentzen W.I., de la Fuente A., Hirt H. (2008) Proteomics 8(21), 4453-65  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[69] Amit I., Wides R., Yarden Y. (2007) Mol. Syst. Biol., 3, 151  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[70] Guo A., Villen J., Kornhauser J., Lee K. A. et al. (2008) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 105, 692–697  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[71] Huang P. H., Mukasa A., Bonavia R., Flynn R. A. et al. (2007) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 104, 12867–12872  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[72] Engelman J. A., Zejnullahu K., Mitsudomi T., Song Y. et al., (2007) Science 316, 1039–1043  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[73] Rikova K., Guo A., Zeng Q., Possemato A. et al., (2007) Cell 131, 1190–1203  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[74] Huang P. H., Cavenee W. K., Furnari F. B., White F. M. (2007) Cell Cycle 6, 2750–2754.  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[75] Bantscheff M., Eberhard D., Abraham Y., Bastuck S. et al., (2007) Nat. Biotechnol. 25, 1035–1044  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[76] Karaman M. W., Herrgard S., Treiber D. K., Gallant P. et al. (2008) Nat. Biotechnol., 26, 127–132.  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus  

[77] Johnson S. and Hunter T. (2004) Nature Biotech 22(9), 1093-1094  
» CrossRef   » Google Scholar   » PubMed   » DOAJ   » CAS   » Scopus